С 2012 года Костромская Духовная Семинария совместно с Костромским государственным университетом имени Н.А. Некрасова реализует программу двойного диплома.
Выпускники семинарии, участвующие в программе, получат сразу два документа об образовании.
1. Диплом об окончании семинарии, утвержденный Учебным Комитетом Русской Православной Церкви (специальность: специалист в области православного богословия), имеющий международный статус
2. Диплом об окончании университета государственного образца (специальность: теология), который признается российским государством и дает возможность преподавать в ВУЗах, работать в государственных структурах и прочее.