13 декабря 2023 года на сайте Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки (Рособрнадзор) опубликован приказ № 2077 «О государственной аккредитации образовательной деятельности Религиозной организации – духовной образовательной организации высшего образования «Томская духовная семинария Томской Епархии Русской Православной Церкви».
Томская духовная семинария получила бессрочную аккредитацию по основной образовательной программе «48.03.01 Теология» уровня высшего образования бакалавриата.