29 ноября 2013 года: спустя 95 лет после насильственного отнятия, в результате немалых усилий Церкви за последние двадцать лет, Духовной академии был возвращен комплекс основных исторических зданий с домовым храмом в честь Двенадцати апостолов (и это первый церковный объект в Санкт-Петербурге, переданный из федеральной собственности в собственность Церкви – согласно специальному Федеральному закону от 30.11.2010 № 327-ФЗ).
После торжественной церемонии подписания передаточного акта епископ Амвросий совершил благодарственный молебен. Ректору Духовной академии сослужили: заслуженный профессор протоиерей Василий Стойков, первый проректор; протоиерей Александр Глебов, помощник ректора по представительским вопросам; протоиерей Виталий Грищук, проректор по воспитательной работе; протоиерей Димитрий Юревич, проректор по научно-богословской работе; протоиерей Владимир Хулап, проректор по учебной работе; священник Константин Костромин, секретарь Ученого совета и заведующий аспирантурой; священник Андрей Парафенюк, эконом духовной академии; священник Александр Кузнецов, секретарь ректора; протодиакон Кирилл Журавлев и диакон Герман Ранне.
За Богослужением молились преподаватели и сотрудники Духовной академии. Пел мужской хор Духовной академии под управлением иеромонаха Матфея (Шарова).
По окончании благодарственного молебна, при пении великого славословия, епископ Амвросий окропил храм святой водой и возжег лампаду и свечи на Престоле, а также свечи в храме.
Были провозглашены многолетия Святейшему Патриарху Кириллу, правящему архиерею Санкт-Петербургской епархии митрополиту Владимиру, Президенту Российской Федерации В.В. Путину, учащим и учащимся Духовной академии и всем, кто оказал помощь и содействие в деле возвращения комплекса исторических зданий их законному владельцу.
Затем владыка Амвросий обратился к присутствующим с архипастырским словом:
"Сегодня, в день памяти апостола и евангелиста Матфея, одного из двенадцати апостолов, в честь которых освящен этот храм, в жизни Санкт-Петербургской православной духовной академии произошло историческое событие. Храм и весь комплекс Духовной академии возвращен Церкви. И мы сегодня имеем великую честь – благодарить Бога за Его милость, за то, что мы стали непосредственными участниками настоящего торжества. Именно поэтому в этот день наше первое слово было обращено к Тому, Кому мы молились, на Кого надеялись, Кто Своим Всеблагим Промыслом осуществил чаяния не одного поколения.
Сегодня мне хотелось бы напомнить слова святителя Тихона, Патриарха Московского, в июне 1918 года посетившего родную духовную академию. Он предвидел и грядущие скорби, и грядущий рассвет после страшной революционной мглы. Вот эти слова, обращенные тогда к корпорации Духовной академии: "Моя радость при посещении академии растворяется со скорбью... Но я глубоко верю, что эта хмара русской жизни пройдет. Разойдется, исчезнет туманное облако, как в свое время оно прошло в лице Юлиана Отступника. И я верю, что снова засияет Христос Бог наш, успокоит наши исстрадавшиеся души. Снова покроет Он Своим светом матушку академию. Сие буди, буди...» Сегодня мы являемся свидетелями исполнения слов и чаяний святителя".
В своем слове владыка ректор от всего сердца поблагодарил Святейшего Патриарха Кирилла, благодаря которому в жизни родной для Предстоятеля Русской Церкви Духовной академии произошло историческое возвращение, а также выразил огромную благодарность Президенту Российской Федерации В.В. Путину.
"Я верю, что вместе с нами радуются святые, воспитавшиеся в этих стенах. Здесь находится икона святых ректоров, выпускников и преподавателей академии, прославленных в лике святых, и они невидимо предстоят вместе с нами. На аналое предлежит храмовый образ – икона Двенадцати апостолов. Несколько лет назад, когда Святейший Патриарх Кирилл посетил семинарский храм апостола и евангелиста Иоанна Богослова, он благословил нас этой иконой двенадцати апостолов. И уже тогда в наших сердцах зародилась уверенность, что это – то самое семя, которое через некоторое время даст всходы и плоды.
Сегодня мы пожинаем плоды подвигов и молитв наших предшественников, которые, мы верим, вымолили нашу академию. Мы благодарим Бога и надеемся, что Он, давший нам этот храм и здание, поможет нам обрести те немалые средства, которые необходимы для капитального ремонта здания и воссоздания храма академии в их былом величии.
Дар, который мы сегодня получили, это, прежде всего, величайшая ответственность перед Богом, Церковью и страной. И Мы должны быть достойны этого дара.
Я сердечно хочу поблагодарить всех тех, кто много сил, стараний, знаний, умений и профессионального опыта приложил для того, чтобы мы пришли к сегодняшнему дню. Я верю, что наши слова благодарности, и даже знаки внимания – ничто, по сравнению с той благодарностью, которая снизойдет обязательно в вашей земной жизни и в вечности от нашего Небесного Отца" – сказал владыка.
В 1809 году в связи с общей образовательной реформой в Российской империи в Петербурге была учреждена Санкт-Петербургская Духовная академия, включавшая среднюю (семинария), высшую (академия) и низшую (училище) школы. Преобразованная из Александро-Невской академии, она до 1819 года размещалась в Федоровском корпусе Александро-Невского монастыря, отданного под академию митрополитом Амвросием (Подобедовым) (1742-1818). Однако скоро эти помещения стали довольно тесными для располагавшихся там учебных заведений, тем более что здесь же были устроены квартиры для преподавателей и администрации. В 1811 году митрополит Амвросий инициировал вопрос о постройке нового здания и провел конкурс на подходящий проект. В результате был утвержден план молодого архитектора Иосифа Ивановича Шарлеманя, ученика архитектора Луиджи Руска, с поправками учителя. В марте 1817 года повелением императора Александра I проект утвердили, и была сформирована Строительная комиссия, в которую входили сам митрополит Амвросий, ректор академии архимандрит Филарет (Дроздов), архитектор Луиджи Руска и другие.
Для академического корпуса был отведен участок у Обводного канала. 10 июня 1817 года митрополитом Амвросием была освящена закладка академического корпуса. В 1819 году строительство, осуществленное на церковные средства, было окончено и здание сдано в эксплуатацию. 26 августа того же года петербургский митрополит Михаил (Десницкий) (1762-1821) освятил храм на втором этаже, и все помещения корпуса.
Интересно отметить, что главный фасад возведенного в стиле классицизма трехэтажного здания с ионическим колонным портиком в центре, обращен в довольно узкий двор, а к каналу корпус выходит боковым фасадом. Разрабатывая проект, архитекторы ставили здание лицом к Неве, наверняка рассчитывая, что напротив здания академии иных построек не возведут. Корпус Духовной академии был построен достаточно прочным и с наименьшими материальными затратами. Согласно официальному отчету за 1821 г.: «все каменные входы, крыльца, галереи, лестницы соединяют в устроении их надежную на долгое время прочность с красотою и отменным удобством для проходящих»
Домовой храм, посвященный Двенадцати апостолам, располагался на втором этаже. Церковь была светлой, в двусветном зале, и отделана в стиле ампир. Белый с золочеными капителями одноярусный иконостас, украшенный коринфскими пилястрами, имел полуциркульную форму. Бывший ректор академии святитель Филарет (Дроздов), ставший к тому времени архиепископом московским, сделал ценный подарок – напрестольное Евангелие в золотом окладе. Обер-прокурор Св. Синода А.Н.Голицын пожертвовал на украшение академического храма 500 рублей, а студенты на личные средства написали икону Спасителя, благословляющего своих учеников. Церковь была поистине сердцем этого академического храма науки. Здесь ежедневно совершались богослужения, проходили самые значимые события, например, встречи почетных гостей, правящих архиереев, новоназначенных ректоров. Здесь молились и совершали богослужения многие, кто впоследствии был прославлен в лике святых: праведный Иоанн Кронштадский, святитель Тихон, Патриарх Московский, святитель Николай Японский и многие другие.
В 1881-1882 годах здание было расширено по проекту архитектора Г.И.Карпова. Впоследствии храм обновлялся: летом 1903 года в нем был произведен ремонт, была обновлена роспись, а 31 августа он был освящен малым чином.
После закрытия академии в 1918 году здание отошло приюту для дефективных детей. Иконостас был разобран в 1922 году. Позднее в здании располагались северный факультет Восточного института, Индустриально-педагогический техникум, Институт повышения квалификации работников профтехобразования, техникум физкультуры и спорта.
Вопрос о возвращении академического здания, включенного в Единый государственный реестр объектов культурного наследия (памятников истории и культуры) народов Российской Федерации в качестве объекта культурного наследия регионального значения, его законным владельцам был поднят в 1993 году.
29 ноября 2013 года весь исторический комплекс Санкт-Петербургской духовной академии вместе с домовым храмом двенадцати апостолов был возвращен законному владельцу. Ректор академии епископ Петергофский Амвросий в храме подписал акт о передаче последнего, главного здания, и в сослужении членов администрации академии совершил благодарственный молебен.