Мониторинг проводился среди 1054 российских вузов, в том числе 480 негосударственных. Рейтинговая оценка выставлялась с учетом направленности учебного заведения, числа работающих выпускников, количества студентов из-за рубежа, обучающихся на основных образовательных программах. Для того чтобы определить эффективные вузы, оценивались результаты научно-исследовательской и финансово-экономической деятельности, а также инфраструктура учебного заведения.
Среди негосударственных вузов мониторинг проходили только аккредитованные государством учебные заведения. Негосударственные вузы могли уклониться от участия в мониторинге на эффективность. Однако попасть в список эффективных вузов - это важное событие для каждого вуза, это высокое свидетельство отличного качества образования.
По критериям рейтинговой оценки Минобрнауки среди других эффективных вузов Москвы ПСТГУ особо выделяется по объему уникальных исследовательских проектов. Одни из главных критериев при оценке научно-исследовательской работы вуза – это индекс научного цитирования. На сегодняшний день для русскоязычных работ главным аналитическим инструментом признан Российский индекс научного цитирования (РИНЦ). У ПСТГУ в базе РИНЦ зарегистрировано 859 научных работ – это достаточно много для негосударственного вуза.
Научные достижения ПСТГУ также получили признание в рамках конкурса «Просвещение через книгу» - 2013, где книги преподавателей Свято-Тихоновского университета получили девять наград.
В настоящее время в ПСТГУ действует семь научных центров. Деятельность этих центров известна не только в России, но и за рубежом. Договоры о сотрудничестве заключены с такими ведущими учебными и научными заведениями, как, например, Университет им. Гумбольдта (Берлин). В 2013 году ПСТГУ получил 15 грантов на различные научные исследования, в том числе таких крупных фондов, как РГНФ, Президентский фонд молодых ученых, фонд Серафима Саровского.
Рекордное количество баллов, превосходящее в разы средние показатели эффективных вузов Москвы (в том числе государственных), Свято-Тихоновский университет получил за свою международную деятельность. Следует отметить, что в данном разделе Министерство образования учитывало не формальные показатели, какими могут являться договоры о международном сотрудничестве. Эффективные вузы определялся по фактическим критериям, таким как популярность учебного заведения среди зарубежных студентов, процент иностранцев среди преподавателей, число студентов ПСТГУ, прошедших длительные стажировки заграницей и, наоборот, число студентов-представителей зарубежных вузов, выбравших для стажировки Свято-Тихоновский университет, а также объем зарубежных грантов на научные исследования, проводимые в его стенах.
За рубежом ПСТГУ уже давно вошел в список эффективных вузов. Еще в 2011 году Свято-Тихоновский университет занял первое место среди негосударственных вузов в национальном рейтинге России согласно рейтингу Webometrics, который готовит лаборатория CybermetricsLab, исследовательская группа Центра информации и документации (Centro de Información y Documentación (CINDOC)) Национального Исследовательского Совета Испании (Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)).