В 2011-2012 учебном году в Санкт-Петербургской православной духовной академии начала свою работу аспирантура.
Открытие аспирантуры стало одним из шагов по реализации принятой Священным Синодом 22 марта 2011 года "Концепции дальнейшего реформирования системы духовного образования Русской Православной Церкви", в которой говорится о необходимости перехода на трехуровневую систему образования по программам бакалавриата, магистратуры и аспирантуры. Обучение по программам бакалавриата и магистратуры началось в СПбПДА с 2010-2011 учебного года, логичным продолжением перехода на новую систему стало открытие в 2011-2012 учебном году аспирантуры.Согласно упомянутой синодальной "Концепции", аспирантура мыслится как "третий уровень образования, цель которого – осуществление научного исследования" с изложением его результатов в виде диссертации (п. 10). Поскольку в "Концепции" подчеркивается, что к диссертациям должны применяться требования, выдвигаемые к научно-исследовательским работам "Высшей аттестационной комиссией в отечественной светской системе образования" (п. 12-13), то при разработке Положения об аспирантуре СПбПДА за образец были взяты аналогичные положения о послевузовском профессиональном образовании, применяемые в светских высших учебных заведениях, а для консультаций были приглашены светские специалисты.
Таким образом, с учетом синодального решения, и принимая во внимание практику отечественной светской системы образования, аспирантура СПбПДА призвана стать основной формой подготовки научно-педагогических и научных кадров для богословских научно-исследовательских и учебных заведений.
Решение об открытии аспирантуры было принято на заседании Ученого совета академии 10 июня 2011 года. На общем собрании профессорско-преподавательской корпорации 30 августа 2011 года священник Константин Костромин, назначенный заведующим аспирантурой, сообщил членам профессорско-преподавательской корпорации об открытии аспирантуры и рассказал о предполагаемом содержании учебного процесса в ней.
На заседании Ученого совета СПбПДА 26 октября 2011 года обсуждались детали, касающиеся поступления и учебы аспирантов. Заведующему было рекомендовано подготовить информацию для потенциальных аспирантов и опубликовать ее в церковных СМИ.
Решением Ученого совета СПбПДА от 30 августа 2011 года определено, что до 12 июня 2013 года выпускники Академии прошлых лет, закрепившие за собой темы исследований, могут без поступления в аспирантуру защитить кандидатскую диссертацию.
с 10 июля по 10 августа 2012 г.
Вступительные экзамены в конце августа 2012 г.