Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла церковь Иоанна Богослова с прилегающими приходскими строениями передана РПИ «для богослужебной, просветительской и социальной деятельности»; при этом Иоанно-Богословскому храму присваивается статус Патриаршего подворья.
Настоятелем Патриаршего подворья назначен ректор РПИ игумен Петр (Еремеев), на которого указом Его Святейшества возложена забота «по скорейшему возвращению Церкви принадлежащего ей храма и приходских строений, оформлению имущественной и иной документации и скорейшему возобновлению богослужений в храме».
По словам игумена Петра, «передача институту "храма-жемчужины" в центре столицы, с помещениями, необходимыми для научно-образовательной и просветительской работы, свидетельствует об особом внимании Святейшего Патриарха к вопросам развития высшего православного образования и, в частности, к проводимой руководством РПИ работе по превращению вуза в мощный современный университетский центр».
Первое богослужение в храме его настоятель намерен совершить 9 октября — в день памяти святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова. Руководство вуза отмечает, что об этом еще предстоит договориться с руководством Музея Москвы. Хотя с 1992 года законное право пользования комплексом было закреплено за Московским Патриархатом, музей до сих пор продолжает занимать церковные здания.
«Мы рассчитываем, что в день престольного праздника в нашем храме будет совершено богослужение — первое за последние 85 лет. Церковь, начиная с момента возвращения ей храмового комплекса, уже 18 лет терпеливо ожидает освобождения музеем церковных помещений. Надеемся, что сейчас процесс переезда музейных коллекций из храма в здания Провиантских магазинов, предоставленные под эти цели столичными властями, ускорится», — отметил игумен Петр.
Постановлением Правительства Москвы № 661 «О передаче Русской Православной Церкви (Московский Патриархат) храмов, расположенных на территории Китай-города» от 25 августа 1992 года храм Иоанна Богослова под Вязами, занимаемый Музеем Москвы, был передан Московскому Патриархату в безвозмездное пользование. В 1993 году дирекция музея в письме в столичное правительство, «понимая справедливость принятого постановления» от 25.08.92, попросила об отсрочке его исполнения до 1998 года — в связи с празднованием 100-летия музея и 850-летия Москвы. Однако музей не освободил занимаемые церковные площади по окончании празднования юбилеев и продолжал располагаться в комплексе зданий храма Иоанна Богослова до настоящего времени.
***